Agama Kristian di Afrika mula-mula tiba di Mesir pada kira-kira 50 Masihi. Menjelang akhir abad ke-2 ia telah sampai ke kawasan sekitar Carthage. Pada abad ke-4, empayar Aksumite di Habsyah dan Eritrea zaman moden menjadi salah satu kawasan pertama di dunia yang mengadopsi agama Kristian sebagai agama rasminya. Kerajaan Nubia Nobatia, Makuria dan Alodia mengikuti dua abad kemudian. Dari akhir abad kelima dan awal abad keenam, kawasan ini termasuk beberapa kerajaan Barbar Kristian.[1] Orang penting Afrika yang mempengaruhi perkembangan awal agama Kristian dan membentuk doktrin Kristian termasuk Tertullian, Perpetua, Felicity, Clement dari Iskandariah, Asal-usul Iskandariah, Cyprian, Athanasius, dan Agustinus dari Hippo.[2][3]Penaklukan Islam ke Afrika Utara membawa tekanan kepada orang Kristian untuk memeluk Islam kerana cukai khas yang dikenakan ke atas orang bukan Islam dan tekanan sosio-ekonomi lain di bawah pemerintahan Islam.[4] Gereja Ortodoks Timur Iskandariah dan Gereja Ortodoks Koptik Iskandariah (yang berpisah antara satu sama lain semasa Perpecahan Chalcedonian) di Mesir dan Gereja Ortodoks Tewahedo (yang berpecah kepada Gereja Tewahedo Ortodoks Habsyah dan Gereja Tewahedo Ortodoks Eritrea) di Tanduk Afrika terselamat pencerobohan umat Islam. Pengislaman wilayah yang dikuasai Muslim berlaku secara progresif dalam beberapa abad akan datang, walaupun proses ini tidak difahami sepenuhnya oleh ahli sejarah.[5][4] Sekatan ke atas pembinaan gereja dan perobohan gereja di Mesir, bersama-sama dengan penganiayaan sekali-sekala seperti semasa pemerintahan al-Hakim (996–1021), memberi tekanan tambahan kepada Copts di Mesir.[6][7](p23)[8] Empayar Habsyah adalah satu-satunya kawasan Afrika yang masih hidup sebagai negara Kristian selepas pengembangan Islam.[9] Gereja Habsyah mempunyai adat resam tersendiri dan kanon Alkitab yang unik. Oleh itu, komuniti gereja Habsyah adalah unik secara global kerana ia tidak dikristiankan melalui mubaligh Eropah, tetapi sangat bebas dan dengan sendirinya menyebarkan mubaligh ke seluruh Afrika sebelum orang Kristian Eropah berhubung dengan benua itu. Walau bagaimanapun, gereja-gereja P'ent'ay adalah karya reformasi Protestan dalam agama Kristian Habsyah.[10] Kedudukan ketua Gereja Katolik Afrika (Keuskupan Agung Carthage), satu-satunya yang dibenarkan untuk berkhotbah di benua itu, adalah milik uskup Maghribi pada tahun 1246.[11] Keuskupan Marrakesh terus wujud sehingga akhir abad ke-16.[12]